Outro ponto limitado no Android é o nível de integração ao desktop. A conexão com o Windows é limitada em aspectos como compartilhamento de arquivos, acesso remoto, transmissão de mensagens, entre outros. Uma das principais razões para isso acontecer é o uso de restrições pelo sistema para compartilhar informações com recursos da Microsoft, algo muito diferente das possibilidades oferecidas pela Apple ao iOS. Isso fica ainda mais nítido em comparação a integração orgânica do iPhone com computadores e notebook Mac através de recursos como o AirDrop, dedicado ao compartilhamento rápido de arquivos via Bluetooth e Wi-Fi, e a sincronização com o iMessage.

Usuários do Android estão familiarizados com as limitações envolvendo atualizações do sistema a depender dos dispositivos e suas diferentes marcas. Geralmente, o tempo para a realização da atualização depende de fases intermediárias de testes, que envolvem diferentes empresas e desenvolvedores para só depois acontecer o lançamento global. Há situações extremas, nas quais aparelhos de uma mesma marca recebem atualizações com novos recursos e melhorias em tempos completamente distintos, algo que pode ser ainda mais complicado devido à disponibilidade ou não da atualização para o aparelho do usuário.

Os aplicativos nativos no Android também podem limitar o sistema operacional. Essas aplicações pré-instaladas muitas vezes não podem ser desinstaladas com rapidez, somente desativadas ou excluídas com muita dificuldade. Além disso, esse tipo de apps são indesejados por usuários em diversas situações, principalmente se for preciso otimizar o aparelho através de ganho de memória. Por não ser excluído através de procedimentos tradicionais, usuários precisam recorrer a métodos como o de obtenção de privilégios de administrador no Android, exigindo algum conhecimento mais técnico.